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[gooseberry]

Guten Morgen.
Also ich komme aus dem Biotechnologie-Bereich und habe hier einen Test, den ich gerne mit Prism (Version 6) auswerten möchte. Ich habe bekannte Standards und dazugehörige Messignale und möchte diese mittels four-parameters eine Curve fitten lassen. Hier die Daten:
Kal x=ng/ml y=RLU y=RLU
CAL 0 0 400645 400645
CAL 1 20 365806 365806
CAL 3 60 305577 305577
CAL 6 180 164208 164208
CAL 8 540 70181 70181
CAL 11 1620 32683 32683
Es ein indirekt proportionaler Test.
Natürlich möchte ich an der Kurve später auch noch von unbekannte Proben die Konz. ermitteln.
So, soweit mir gesagt und ich gelesen habe, muss man die Konz. zuerst logarithmieren. Damit kann man dann die four-parameters Auswertung (in meinem Fall mit Prism) vornehmen. Die erhaltenen Log-Werte kann man mit der Umkehrfunktion wieder in Konz. transformieren lassen. Ich erhalte auch Werte, die plausibel sind. Ich glaube bis hier auch alles richtig zu machen (bitte korrigiert mich, falls nicht).
Mein Problem: In Prism gibt er mir von den Log-Werten (x) und den RLUs (y) eine schöne 4PL-Kurve aus, die sicherlich auch richtig ist. Aber ich möchte gerne die selbige 4PL-Kurve mit den Konz. als x-Achse und RLUs als y. In meiner Verzweiflung habe ich Internetseiten gefunden, wo man sogar online seine Daten fitten lassen kann (siehe Excel Datei). Und da werden stets die Grafiken ausgegeben, die ich auch möchte. Also muss es doch möglich sein, oder nicht?! Und wenn ja, vllt. kann mir jemand auch sagen, wo mein Fehler liegt? Am liebsten natürlich Prism-spezifisch; aber ich denke das benutzen hier nicht alle.
Leider hat das mit dem Datei anhängen nicht funktioniert.
Danke im Voraus.

Liebe Grüße
Maria

[strukturmarionette]

Hi,

In meiner Verzweiflung habe ich Internetseiten gefunden, wo man sogar online seine Daten fitten lassen kann

- taugen die denn nichts?
- sind das passwortgeschütze Spezialseiten aus dem 'invisible web'?
- viell könntest Du einige Deiner Fundstellen diesbezüglich mitteilen, wenn die jedemann -frau zugänglich sind.

mittels four-parameters eine Curve fitten lassen

- was verstehst Du darunter?

Gruß
S.

[gooseberry]

- taugen die denn nichts?

Ein erster kleiner Vergleich ergab gleich Ergebnisse zu Prism. Die Seite sieht einfach, aber vertrauenwürdig seriös aus.

- sind das passwortgeschütze Spezialseiten aus dem 'invisible web'?

Man muss sich lediglich registrieren.

- viell könntest Du einige Deiner Fundstellen diesbezüglich mitteilen, wenn die jedemann -frau zugänglich sind.

http://www.myassays.com bzw. die Schwesterseite http://www.curvefit.com

mittels four-parameters eine Curve fitten lassen
- was verstehst Du darunter?

Einfach gesagt habe ich Punkte auf einer XY Grafik, die verbunden werden müssen. Dazu gibt es verschiedene zugrunde liegende math. Formeln für Steigung und etc. die sich je nach gewünschter Kurvenlegung unterscheiden.. nicht linear bspw. Cubic Spline, Four-Parameters (4PL), Five-Parameters.. das sind jetzt welche die mir auf Anhieb einfallen.. ich denke das ist allseits bekannt?
Das funktioniert auch soweit. Das funktioniert auch. Doch ich möchte gerne eine Grafik mit nicht logarithmierten Konzentrationen. Auch in den Guides von Prism sehe ich diese Darstellung am Ende der Erklärung. Doch nirgends wird erklärt, wie man zu dieser Grafik letztlich kommt!
Ich würde ja gerne Dateien hochladen, aber irgendwie gibt er immer Fehlermeldungen.

[bele]

Nein, es ist nicht jedem allgemein bekannt, was Prism unter welchem Begriff versteht. Kurzes googlen zeigt, dass Prism sigmoidale Zusammenhänge unter dem Namen "4PL" mit folgendem Modell darstellt:

Y=Bottom + (Top-Bottom)/(1+10^((LogEC50-X)*HillSlope))
...
EC50 is the concentration of agonist that gives a response half way between Bottom and Top. This is not the same as the response at Y=50. Depending on which units Y is expressed in, and the values of Bottom and Top, the EC50 may give a response nowhere near "50". Prism reports both the EC50 and its log.

HillSlope describes the steepness of the family of curves. A HillSlope of 1.0 is standard, and you should consider constraining the Hill Slope to a constant value of 1.0. A Hill slope greater than 1.0 is steeper, and a Hill slope less than 1.0 is shallower.

Top and Bottom are plateaus in the units of the Y axis.

http://www.graphpad.com/guides/prism/6/ ... riable.htm

Wenn man sich diese Parameter aus Prism heraus holt sollte es möglich sein, mit Hilfe der Funktion selbst beliebige Kurven zu zeichnen. Ob und wie man das in Prism machen kann, weiß ich nicht. Es muss nicht jeder Prism kennen, auch wenn es für Dich vielleicht das natürlichste Programm für diesen Job sein mag.

LG,
Bernhard