Vergleich von Bakterienzahlen mit ANOVA - log-Transformation

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Re: Vergleich von Bakterienzahlen mit ANOVA - log-Transforma

Beitragvon strukturmarionette » Mi 18. Nov 2015, 19:35

Hi,

Nein, natürlich nicht. Viele Faktoren spielen eine Rolle, u.a. die Injektionstechnik, das Alter und Geschlecht der Mäuse, sowie die Eigenschaften der Bakterien. Durch das Verwenden von genetisch gleichaltrigen, genetisch identen Mäusen, bei denen selektiv nur ein Gen inaktiv ist - (was natürlich vielfältige Folgen haben kann, in unserem Fall handelt es sich um Gene, die nur in einer bestimmten Zellpopulation exprimiert werden, die dadurch funktionslos wird) sowie genetisch identen Kontrollmäusen, bei denen alle Gene normal aktiv sind, probiert man soviele Variationsquellen wie möglich auszuschalten.


Dieses Vorgehensweise wird von vielen Labors, die in der immunologischen Grundlagenforschung arbeiten, verwendet. Die meisten Leute in unserem Labor analysieren diese Daten mit t-Tests/one-way ANOVA - Verfahren, die ja gerade bei kleineren Stichprobengrößen gegen Verletzungen ihrer Annahmen reagieren.


Die Mausstämme mit den gezielt beeinflussten Genen sowie die entsprechenden Kontrollmäuse sind nicht von uns verändert worden, sondern sind im Handel erhältlich und werden zu verschiedenen Forschungszwecken benutzt.


hierzu:
Die meisten Leute in unserem Labor analysieren diese Daten mit t-Tests/one-way ANOVA

- Immunologische Grundlagenforschung ist gewiss eine Fachdisziplin, von der nur wenige viel verstehen.
- Dein Design und die Messungen daraus mit einfaktoriellen Anovas (o.ä.) zu bewerten und die Befunde daraus zu berichten mag einfach sein.
- Wenn Eure fachkundige Leserschaft den 'Rest' zu jenen statistischen Befunden für sie unmittelbar einsichtig dazuinterpretieren kann, reicht das vielleicht.
- Womöglich könnten andere Auswertungsprozeduren (auch: Designs) aber angemessener sein.

Gruß
S.
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Re: Vergleich von Bakterienzahlen mit ANOVA - log-Transforma

Beitragvon martin.l. » Do 19. Nov 2015, 17:02

- Immunologische Grundlagenforschung ist gewiss eine Fachdisziplin, von der nur wenige viel verstehen.
- Dein Design und die Messungen daraus mit einfaktoriellen Anovas (o.ä.) zu bewerten und die Befunde daraus zu berichten mag einfach sein.
- Wenn Eure fachkundige Leserschaft den 'Rest' zu jenen statistischen Befunden für sie unmittelbar einsichtig dazuinterpretieren kann, reicht das vielleicht.
- Womöglich könnten andere Auswertungsprozeduren (auch: Designs) aber angemessener sein.


Du hast absolut Recht, die statistischen Methoden, die in der Immunologie (genauso wie wahrscheinlich auch in vielen anderen Disziplinen) verwendet werden sind sicher oft nicht besonders gut durchdacht. Leider sprengen anspruchsvollere Berechnungsmethoden das statistsiche Know-how der meisten Immunologen (inklusive mir selber).

Was mich aber sehr interessieren würde, ist deine Meinung zu meiner ursprünglichen Frage, ob meine Daten logarithmisch zu transformieren in meinem Fall "erlaubt" und sinnvoll ist.

Gruß, Martin
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Re: Vergleich von Bakterienzahlen mit ANOVA - log-Transforma

Beitragvon PonderStibbons » Do 19. Nov 2015, 18:48

Ich dachte, das wäre längst geklärt? Bei Wachstumsprozessen ergibt das offensichtlich Sinn. Ich hätte erwartet, dass das ein Standardvorgehen bei Untersuchungen solcher Prozese ist, gibt es denn keinerlei passende Referenzliteratur?

Mit freundlichen Grüßen

P.
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Re: Vergleich von Bakterienzahlen mit ANOVA - log-Transforma

Beitragvon strukturmarionette » Mo 23. Nov 2015, 23:38

Hi,

- selbst wenn sowas ein gängiges Procedere bei der statistischen Auswertung ist, werden m.E. dabei die zugrundeliegenden multivariaten Mess-Wdhlg-Designs nicht abgebildet.
- es bleibt eine Vereinfachung (aus welchen Gründen auch immer) mit Konsequenzen für die Befunde daraus.

Gruß
S.
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