Du drückst dich wirklich unklar aus.
Geht es darum, ob du zum Vergleich der modellimplizierten und empirischen Daten die Kovarianzmatrix oder die Korrelationsmatrix als Grundlage nimmst: Nimm die Kovarianzmatrix. Im Idealfall macht es keinen Unterschied, aber die Kovarianzmatrix bietet etwas mehr Informationen als die Korrelationsmatrix und bietet in den meisten Fällen die adäquatere Datengrundlage.
Wenn es Dir aber darum geht, ob du zwischen deinen manifesten exogenen Variablen (oder was auch immer) die ungerichteten Zusammenhänge anschauen willst: Korrelationen sind standardisierte Kovarianzen. Und bei SEM berichtete man immer beides: Unstandardisierte und standardisierte Lösungen.
Und wenn man dich wörtlich nimmt:
Ich möchte überprüfen, wie stark der Einfluss der Variablen auf die anderen Variablen ist und ob dieser Zusammenhang auch signifikant ist.
geht, dann interessiert dich weder Kovarianz, noch Korrelation (wie Strukturmarionette ja schon mit "weder/noch" sagte), sondern ein Pfadgewicht bzw. Regressionskoeffizient. Und ja, bei Regressionen mit nur einem Prädiktor ist das Gewicht genauso groß wie die Korrelation zwischen beiden Variablen, aber trotzdem handelt es sich um etwas anderes. Eine Kovarianz/Korrelation ist schließlich ungerichtet und ein Effekt ist gerichtet.