STATISTIK-FORUM.de

[Quirin1987]

hallo zusammen,

eine Frage an euch alle zusammen. Wir sind gerade dabei eine Studie zu planen bzgl Gen - Analysen. Unser Gen Datensatz soll mit einer Kohorte mit n= 7800 verglichen werden. Die n=7800 bilden die Grundlage der Gen Variationen einer normalen Population. Wir dagegen wollen die sportlichen Extreme (aufgeteilt in 3 Gruppen) einer Population uns ansehen und mit der oben genannten Kohorte vergleichen. Unsere Frage ist, wie viele n's brauchen wir pro Gruppe?
Mir ist klar für die Poweranalyse brauchen wir eine Effektstärke. Leider ist hier in der Literatur nicht viel zu finden, bzw gibt es kein vergleichbares Design. Wie kann ich also trotzdem abschätzen wie viele n ich pro Gruppe brauchen um vernünftige Ergebnisse zu bekommen?

Danke u. lg

Q

[strukturmarionette]

Hi,

Wir dagegen wollen die sportlichen Extreme (aufgeteilt in 3 Gruppen) einer Population uns ansehen und mit der oben genannten Kohorte vergleichen.

- Was soll konkret zwischen den Stichproben verglichen werden?
- Hinsichtlich Skalenniveaus?
- Maßeinheiten etc.

Gruß
S.

[Quirin1987]

hi,

danke für die schnelle Antwort. Wir haben den Gen und Blut Metaboliten Datensatz von ca. 7800 Probanden mit entsprechenden Verbindungen von loci(s) zu Metabolite(n), also eine Art Atlas zwischen Genom und Blut Metabolit. Dieser Atlas beschreibt den Metabolismus mit den entsprechenden Loci von "normalen Probanden" über unsere Population in Europa mit einem Alter von 18-75 Jahre. Unser Ansatz, und dafür gibt es Hinweise in der Literatur, ist, dass die abweichenden Extreme einer Population, in unserem Fall Sportler, die aufgrund einer anderen Muskelfaserstruktur auch einen anderen Stoffwechsel besitzen werden.
Verglichen werden also (basierend auf dem gleichen Analyseverfahren wie bei der Kohorte mit 7800 Probanden) die Anzahl von ca.300 Metaboliten im Blut, auf der einen Seite, und auf der anderen Seite, wenn Unterschiede vorhanden sind, ob sich dieser durch andere loci auf der DNA erklären lässt. --> schon archiviert Samples von n = 7800, mit je Probande 280-300 Metabliten vs n = ? von Extremen einer Population mit ?? Metaboliten.

Das Analyse Verfahren wird extern mit einer entsprechenden Kooperation gemacht. Ist sehr aufwendig und nicht mein Kompetenz Bereich. Hier ein kleines Zitat wie die Daten aufbereitet werden:

"To perform multiple sample comparison by multivariate modeling, all samples have to be described by a common set of variables, that is, in this case, the relative concentrations of possible metabolites. To achieve this, H-MCR18 was applied to the obtained GC/TOFMS data files to further resolve compounds (metabolites) that were not separated by the chemical chromatography. Compounds not separated by chemical chromatography will produce overlapping chromatographic profiles and mixed mass spectra leading to difficulties regarding metabolite detection, quantification, and identification..." (Pohjanen et al. 2007).

Und die Frage wäre, wie viele n's brauchen wir ca. in den 3 Subkategorien unserer Extreme um die Studie nicht zu "underpowern".



lg

[strukturmarionette]

Hi,

Das Analyse Verfahren wird extern mit einer entsprechenden Kooperation gemacht. Ist sehr aufwendig und nicht mein Kompetenz Bereich.

- Meine leider auch nicht.
- Manchmal lesen und antworten auch Fachkundgige aus diesem Wiss-Bereich mit.
- Aber: Dabei irgendwie eine -optimale- Anzahl N zu bestimmen, ist Nebensache.
- Anderes (s.o.) ist wichtiger.
- Die Stichprobenumfänge u.a. werden fachlich im Nachhinein ohnehin wieder mit rein- oder halt rausinterpretiert.

Gruß
S.

[bele]

Eine Poweranalyse lässt sich nur machen, wenn man weiß, wie später die Auswertung erfolgen soll. Wie die Auswertung erfolgen soll, weiß man nur, wie die Daten strukturiert sind. Wie die Daten von Metaboliten und wie die von Genloci aussehen und welche Art von Zusammenhängen gefunden werden sollen, bleibt aber in der Schilderung trotz der gezielten Frage nach Skalenniveaus offen. Für jeden Nicht-Omics-Spezialisten eine nur mit viel Raten zu beantwortende Frage.

LG,
Bernhard

[Quirin1987]

So, noch einmal Hallo.

Danke für eure Antworten soweit. Ich habe ein Rohdaten Set hier ein gefügt. Dabei handel es sich um Intervall skalierte Daten.
N Min Max Mean SD
6.027 -0,539 0,473 -0,001 0,115
6.006 -0,505 0,390 -0,003 0,116
6.000 -0,776 0,779 -0,002 0,194
6.023 -0,302 0,331 0,001 0,081
6.049 -0,450 0,440 -0,002 0,115
6.054 -0,746 0,529 -0,020 0,183
6.047 -0,307 0,296 0,000 0,075
6.050 -0,614 0,647 -0,003 0,167
5.942 -0,557 0,545 -0,006 0,133

Jede Zeile steht für einen gefunden Metaboliten in der entsprechenden Kohorte.


Unterschiede zwischen Gruppen werden als "x-fold change" angegeben. Helfen dir die Infos weiter?

Danke und lg

[bele]

Nö, aber ich wünsche Euch noch viel Glück!