STATISTIK-FORUM.de

[Merowinger]

Hallo zusammen,

ich bin neu hier, bin Mediziner und weiß bei einer Statistikfrage nicht weiter

ich möchte gerne die Performance von verschiedenen Überlebensmodellen (Cox-Regressionsmodellen) mit unterschiedlichen Prädiktorvariablen bei der gleichen Tumor-Patienten-Gruppe miteinander vergleichen.

Mein Mediziner-Statistik-Programm MedCalc liefert hierfür den Harrel's c Index zu jedem Cox-Modell.
Der Index vergleicht Patienten paarweise und überprüft, ob der Patient mit der höheren Hazard-Ratio tatsächlich früher gestorben ist. Ist dies der Fall, das wird dies als konkordantes Paar bezeichnet.
Der Index errechnet sich dann so: C = |konkordante Paare| / (|konkordante Paare| + |nicht konkordante Paare|)

MedCalc liefert zu dem Harrell's c Index noch ein 95% Konfidenzintervall.

Nun würde ich aber gerne c Indices vergleichen (um Modelle vergleichen zu können). So wie ich das verstehe, gibt es dafür verschiedene Möglichkeiten:

1) Man subtrahiert zwei c Indices voneinander und schaut sich das 95% Konfidenzintervall der Differenz an. Falls das Konfidenzintervall der Differenz nicht durch 0 geht, ist die Performance der Modelle statistisch signifikant unterschiedlich (p<0,05).
Medcalc bietet leider keine Funktion die c Indices voneinander zu subtrahieren. Kann man das 95% Konfidenzintervall der Differenz von zwei Werten berechnen, von denen man jeweils das 95% Konfidenzintervall kennt?

2) Oder man kennt sich mit R aus und kann das Package "compareC" verwenden. Leider kenne ich mich nicht mit R aus

Wäre super, wenn mir jemand helfen könnte

Vielen Dank und viele Grüße

Philipp

[bele]

Hallo Philipp,

ich bin leider mit der C-Statistik völlig unzureichend vertraut, denn Survival-Data für eine echte Publikation werden mir in den nächsten Tage zum ersten Mal in die Hände fallen.

Dafür kenne ich mit mit R einigermaßen aus. Die Bedienungsanleitung für das Paket compareC findest Du hier: https://cran.r-project.org/web/packages ... mpareC.pdf

Auf Seite 2 des PDF wird die Funktion compareC im Paket compareC beschrieben, oder wie man in R sagen würde compareC::compareC (Paketname links, Funktionsname rechts vom ::).
Demnach müsstest Du vier Vektoren in Deiner Statistikumgebung erzeugen und nach R übertragen. Sie stehen in dem PDF auf Seite 2 unter "Arguments"

Code: Alles auswählen

timeX: The vector of actual survival time X, one survival time for each observation
statusX: The matching vector of event indicator for time X, 1 if occured and 0 otherwise
scoreY: The vector of the first measured biomarker or score Y, one for each of the same
observations
scoreZ: The vector of the second measured biomarker or score Z, one for each of the
same observations

Das sollte soweit kein Problem sein. Was die Funktion dann alles ausrechnet steht auf der gleichen Seite unter Value und da könnte dich der Rückgabewert mit dem Namen pval interessieren.

Wenn Du bereits bist, diesen Weg zu gehen, dann helfe ich Dir gerne, die Daten in R zu bekommen und die Funktion darauf zu hetzen. Am besten machen wir das dann nicht hier sondern in diesem Forum: http://forum.r-statistik.de Da sind noch andere freundliche und teils bessere Ansprechpartner in Sachen R. Hier bist Du für den statistischen Teil Deiner Frage im besseren Forum.

LG,
Bernhard

[Merowinger]

Lieber Bernhard,
Wow, viele Dank schonmal für die sehr hilfreiche und ausführliche Antwort!
Ich werde morgen Abend mal r installieren. Ich gehe davon aus, dass ich auf jeden Fall an dem einen oder anderen Punkt Hilfe benötigen werde
Dann werde ich einen Thread im r Forum aufmachen bzw. nochmal auf Dich zurückkommen
Vielen Dank und viele Grüße Philipp